Im Jahr 1130 --> 30jähriger Krieg --> Besatzung
Im Jahr 1130 wurde die Burg erstmals belagert. Die Regensburger Bischöfe gerieten damals wegen der Zoll- und Mautgebühren mit den Herzögen von Bayern in Streit. Die Burg steht mit vielen geschichtlich bedeutsamen Ereignissen in Zusammenhang. Leider waren die häufigen Belagerungen aber meistens mit Bränden im Ort verbunden.
Innerhalb der Burgmauern weilten mehrmals auch bedeutsame historische Persönlichkeiten. Es ist überliefert, dass im Jahre 1156 Kaiser Friedrich Barbarossa hier als Gast war. Bischof Albert der Große hat von 1260 - 62 auf der Burg gewohnt und an bedeutenden wissenschaftlichen Abhandlungen gearbeitet. Zeitweise war Kaiser Karl IV. Besitzer der strategisch wichtigen Anlage.
Im Jahre 1388 belagerten die Herzöge von Bayern die damals an die Stadt Regensburg verpfändete Burg vergebens. Dies ist deshalb erwähnenswert, weil auf dieses Ereignis die Entstehung der Wallfahrtskirche St. Salvator zurückgeht. An den Seitenwänden der jüngst renovierten Kirche ist auf 8 Bildern die Entstehungsgeschichte - ein Hostienfrevel - dargestellt.
Die Burg kam schließlich zusammen mit der Stadt Regensburg an Herzog Albrecht von Bayern. Von diesem Herrscher erhielt Stauf das Marktrecht und ein Wappen - ein Schild mit Weintrauben in den Farben weiß-blau. Der Weinbau spielte nämlich früher in unserer Gegend eine große Rolle. Die zahlreichen Weinberge an den Südhängen gehörten verschiedenen Regensburger Klöstern, Stiftungen und Bürgern. Der hiesige Wein „Bayerwein“ wurde so gar an den kurfürstli chen Hof nach München geliefert. Die meisten Weinberge in der Umgebung von Regensburg wurden schließlich aufgegeben, wozu sicherlich auch der Vormarsch des bayerischen Bieres beigetragen hat.
Für die stolze Veste Stauf brachte der 30jährige Krieg das Ende. Während die Stadt Regensburg sich im November 1633 den Schweden bereits er geben hatte, hielt Maximilian von Bayern die Burg Donaustauf immer noch besetzt. Den Schweden war es ein Dorn im Auge, dass auf dem Bergfried noch die bayerische Fahne wehte und die Bayern den Zugang zur Reichstadt unter Kontrolle hatten.
Aus Aufzeichnungen wissen wir von einem Überfall der Burgbesatzung auf einen schwedischen Lebensmitteltransport, der schließlich den Herzog von Weimar veranlasste, die Staufer Burg sofort einnehmen zu lassen. Die Schweden beschossen 10 Tage lang die stark befestigte Anlage. Nach und nach erzielten sie auch Erfolge und forderten den Burgkommandanten zur Übergabe auf. Dieser erkannte die aussichtslose Lage und übergab die Burg schließlich den Schweden, welche sie sofort in Schutt und Asche legten.
Die Burganlage verfiel im Laufe der Zeit immer mehr, kam 1710 wieder an das Bistum Regensburg und 100 Jahre später an Bayern. Seit 1812 ist die malerische Burgruine im Eigentum der Fürsten von Thurn und Taxis, wel che auch den erblichen Titel eines Herzogs zu Donaustauf führen.